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バージョンコントロールの活用法の1つとして、ブランチ(branches)と呼ばれる複数の独立した開発ラインのサポートがあります。中でもとりわけブランチは、プログラムの安定版(stable)と開発版(development)を個別に保守したり、関係のない機能を他の版から隔離して開発するのに使用されます。
現在のところVCのブランチ操作にたいするサポートは、かなり制限されています。分散型のバージョンコントロールシステムにたいしては、あるブランチを他のブランチのコンテンツで更新するコマンドと、2つの異なるブランチの変更をマージするコマンドを提供します。集中型のバージョンコントロールシステムにたいしては、異なるブランチからチェックアウトして、新規または異なるブランチにコミットするコマンドを提供します。