マージの間、AおよびBバッファーを自分で編集してはいけません。Emergeは一時的にこれらを変更しますが、最終的には元の内容に戻します。
複数のマージを一度に行うことができます — ただし、ある1つのバッファーを複数のマージの入力として使用しないでください。なぜなら、これらのバッファーに加えられる一時的な変更が、1つのバッファーに加えられてしまうからです。
ファイル全体を比較する必要があるため、Emergeの開始には時間がかかることもあります。Emacsは、diffが終了するまで他のことを行なえません。入力ファイルが大きいときはバックグラウンドで比較を行なうように、誰かがEmergeを変更するかもしれません
— そうなればEmergeがコマンドを受け付けられるようになるまでの間、Emacsで他の作業を続けることができるでしょう。
マージをセットアップした後、Emergeはフックemerge-startup-hookを実行します。
フックを参照してください。