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EmacsのC部分は、C89にたいして移植性があります。‘<stdbool.h>’や‘inline’のようなC99固有の機能は、通常configure時に行われるチェックなしでは使用しておらず、Emacsのビルド手順は必要なら代替えの実装を提供します。ステートメントの後の宣言のような、その他のC99機能は代替えの提供が非常に困難なので、すべて回避されています。
そう遠くない将来のある時点で、基本となるC方言はC89からC99に変更され、最終的には間違いなくC11に変更されるでしょう。