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EmacsのC部分はC99にたいして可搬性があります。‘<stdalign.h>’や‘_Noreturn’のようなC11固有の機能は通常はconfigure時に行われるチェックなしでは使用しておらず、Emacsのビルド手順は必要なら代替えの実装を提供します。無名な構造体や共用体のようないくつかのC11機能はエミュレートが非常に困難なので完全に無視しています。
そう遠くない将来のある時点で基本となるC方言は間違いなくC11に変更されるでしょう。