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SCCS、RCS、CVS、およびその他の初期のバージョンコントロールシステム(SRCも含む)では、バージョンコントロールの操作はファイルベース(file-based)です。各ファイルは、他のすべてのファイルとは別に、ファイル自身のコメントとリビジョン履歴をもちます。Subversionで始まる新しいシステムは、変更セットベース(changeset-based)です。コミットは複数ファイルにたいする変更を含むときがあり、一連の変更全体を1つの単位として扱います。変更にたいするコメントは1つのファイルではなく、変更セットに属します。
変更セットベースのバージョンコントロールは、ファイルベースのバージョンコントロールより、柔軟で強力です。通常、複数ファイルの変更を元に戻す必要がある時、それを簡単に識別してすべてを削除できます。