Xウィンドウシステムのインプットメソッドは自身のコーディングシステムを指定します。キーボード入力のデコードには、このコーディングシステムが使用されなければなりません。デフォルトではインプットメソッドそれぞれに使用するコーディングシステムは、インプットメソッドサーバーへの接続を確立する際にEmacsによって自動的に決定されて、キーボード入力のデコードにはその特定のコーディングシステムが使用されます。ただしコーディングシステムの決定が失敗する可能性もあり、その場合にはかわりにlocaleのコーディングシステムが使用されます(プロセス間通信にたいするコーディングシステムを参照)。
インプットメソッドがテキストのエンコードに使用するコーディングシステムを正しく通知しない場合には、インプットメソッドからのテキストをデコードするためにEmacsが使用するコーディングシステムを手作業で指定しなければなりません。変数x-input-coding-systemの値をシンボルにセットすると、それがインプットメソッドからのキーボード入力のデコードに使用するコーディングシステムとして無条件に使用されます。