コメントは、プログラミングにおいて重要なパートなので、Emacsはコメントの編集や挿入を行う特別なコマンドを提供します。Flyspell Progモードによる、コメントのスペルチェックも行うことができます(スペルのチェックと訂正を参照してください)。
異なる種類のコメントのインデントにたいして、特別なルールをもつメジャーモードがいくつかあります。たとえばLispコードでは、2つのセミコロンで始まるコメントは、それらの行がコードであるかのようにインデントされ、3つのセミコロンで始まるコメントは左端に揃えてインデントされ、しばしば区分けの目的で使用されます。Emacsはこれらの慣習を理解します。たとえば、コメント行でTABをタイプすると、そのコメントを適切な位置にインデントします。
;; This function is just an example. ;;; Here either two or three semicolons are appropriate. (defun foo (x) ;;; And now, the first part of the function: ;; The following line adds one. (1+ x)) ; This line adds one.