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デフォルトでは、キーAltとOptionは、Metaと同じです。MacのCmdキーはSuperと同じで、Emacsは他のMac/GNUstepアプリケーション(macOSおよびGNUstepでのウィンドウシステムイベントを参照してください)を模倣するこれらの修飾キーを使用した、一連のキーバインドを提供します。これらのキーバインドは通常の方法で変更できます(キーバインディングのカスタマイズを参照)。修飾キー自体はカスタマイズできます。Mac/GNUstepでのカスタマイズを参照してください。
S-mouse-1はmouse-3と同様に、クリックした位置にリージョンを調整します(mouse-save-then-kill)。S-mouse-1が通常行なうように、デフォルトフェイスを変更するためのポップアップメニュー(テキストのスケールを参照してください)は表示しません。この変更は、Emacsが他のMac/GNUstepアプリケーションと同じように動作させるためです。
メニューを使用してファイルを開いたり保存するときや、Cmd-oやCmd-Sといったキーバインドを使用する場合、Emacsはファイル名の読み取りにグラフィカルなファイルダイアログを使用します。しかしC-x C-fのような標準のEmacsのキーシーケンスを使用する場合、Emacsはミニバッファーを使用してファイル名を読み取ります。
GNUstepでは、X-windows環境においてテキストをXのプライマリー選択(primary selection)に転送するために、C-wやM-wのかわりに、Cmd-cを使用する必要があります。そうでない場合、Emacsはクリップボード選択を使用します。同様に(C-yのかわりに)Cmd-yは、killリングやクリップボードではなく、Xのプライマリー選択からyankします。
latexやmanのような、Emacsの下で実行される多くのプログラムは、環境変数のセッティングに依存します。Emacsがシェルから起動された場合、自動的にこれらの環境変数を継承し、Emacsのサブプロセスもそれらを継承します。しかしEmacsがFinderから起動された場合は、シェルの子プロセスではないので、環境変数はセットされません。これによりサブプロセスの振る舞いが、シェルから実行したときと異なることが起こり得ます。
変数PATHおよびMANPATHにたいしては、macOSではPATHをセットするシステムワイドな手法は、/etc/pathsファイルと/etc/paths.dディレクトリーを使用することが推奨されています。